Aaltolan kuvataan toimineen häikäilemättömästi pedatessaan valintaansa.
Presidenttiehdokas Mika Aaltolan valintaa Ulkopoliittisen instituutin (Upi) johtajaksi edelsi aiemmin tiedettyä rumempi kamppailu kulissien takana, kirjoittaa Helsingin Sanomat (HS). Lehden mukaan osa Upin työntekijöistä kokee, että Aaltola toimi häikäilemättömästi pyrkiessään instituutin johtoon vuonna 2019.
HS kirjoittaa, että Aaltola laati Upin hallitukselle esityksen, jonka mukaan hän oli siteerausten perusteella kilpailevaa hakijaa Juha Jokelaa pätevämpi hakija. Kaksi Upin tutkijaa moitti Aaltolan Google Scholar -työkaluun perustuvaa vertailua tarkoitushakuiseksi ja epäluotettavaksi.
Hakuprosessin aikana nousi esiin myös epäilty kiusaamistapaus Upissa, jolle ei lopulta löytynyt konkreettista näyttöä. Aaltola lähetti hallitukselle sähköpostia kiusaamistapauksesta, mutta sanoo Helsingin Sanomille, ettei kytkenyt sitä Jokelaan.
Helsingin Sanomien tietojen mukaan Upin hallituksessa kuitenkin ainakin kaksi jäsentä muistaa kiusaamisväitteen yhdistyneen Jokelaan.
Hallituksen jäsen, entinen suurlähettiläs René Nyberg kertoi kesäkuussa 2019 vastustavansa nimitystyöryhmän esitystä valita tehtävään Jokela. Sen jälkeen hallitus lykkäsi valintaa ja päätti pyytää kolmesta tehtävään haastatellusta hakijasta ulkopuolisen tieteellisen arvion.
Asiantuntijatyöryhmä vertaili Jokelaa, Aaltolaa ja Tampereen yliopiston tutkimusjohtajaa Hanna Ojasta ja totesi, ettei kukaan noussut tieteellisissä ansioissaan toisten yläpuolelle.
Nimitystyöryhmä esitti sen jälkeen toistamiseen Jokelaa johtajaksi, mutta hallituksen äänestyksessä Aaltola voitti äänin 5–4.
Helsingin Sanomien mukaan työilmapiiri Upissa parani Aaltolan valinnan jälkeen, joskin jotkut haastatellut arvostelevat hänen järjestelykykyään ja tapaansa käyttää huumoria.